Data de 1770 o inicio do povoamento. Neste ano foi concedida a provisão para a construção de uma capela em homenagem ao Santo.
Em 1775 foi erguida outra capela, toda em pedra extraída do próprio local. A paróquia subordinada à Freguesia de São João Del Rei, foi criada em 1849.
Em 1841, passou sucessivamente a pertencer as Freguesias de Baependi e Lavras.
Foi reincorporada como distrito, ao município de Baependi em 1842. Assim permaneceu até 1962 quando, com a criação do município, ganhou foros na cidade.
Antigamente, a região pertencia à Fazenda Campo Alegre, tendo como fundador o Capitão João Francisco Junqueira. Foi ele que a construção da Igreja Matriz.
Ele faleceu em 5 de abril de 1819, sendo sepultado na própria igreja que ele iniciara.
Dentre os herdeiros deixados pelo Capitão João Francisco Junqueira, destacou-se seu filho, Gabriel Francisco Junqueira, nascido em 1782. Foi ele que, em 1842, recebeu de D. Pedro II o título de Barão de Alfenas.
Faleceu em 1869 e também foi sepultado debaixo do altar, na Igreja Matriz de São Thomé das Letras.
A Lenda de São Thomé
Aborrecido pelos maus tratos que recebia na Fazenda Campo Alegre, um escravo de nome João Antão, que diziam que mantinha um caso com a irmã de seu Senhorio, resolveu fugir e se esconder em algum lugar seguro. Encontrou uma gruta no alto da montanha, que oferecia abrigo e uma ampla visão das montanhas ao redor. Ali, alimentando-se de frutos, raizes, caça e pesca, o escravo passou a viver.
Certo dia, apareceu ao escravo, um senhor de certa idade, de olhar sereno e fala macia, vestindo roupas brancas. Certamente um padre jesuíta fugitivo das perseguições do Marquês de Pombal, que por aquela época, havia determinado a expulsão de todos os jesuítas do País.
O estranho lhe escreveu um bilhete, dizendo-lhe que entregando-o ao seu amo, este lhe daria o perdão.
Ele, acreditando no que lhe foi dito, voltou à Fazenda.
Ao ler o bilhete, o patriarca da família Junqueira, exigiu que o escravo o levasse a tal gruta.
Montou-se uma comitiva que cavalgou até o local.
No interior da gruta encontraram uma imagem de um Santo, entalhada em madeira, ao invés do padre Jesuíta.
Homem de profunda religiosidade, João Francisco levou a imagem para sua casa. Esta por sua vez sumiu e foi aparecer novamente na gruta. E assim por várias vezes.
Acreditando estar diante de um milagre, o capitão João Francisco mandou erguer uma capela que, posteriormente, deu lugar à igreja Matriz.
O senhor de vestes brancas nunca mais foi encontrado. Acredita-se que era ele, o próprio São Thomé.
Foi assim que surgiu o povoado conhecido como São Thomé.
Lugares que devem ser visitados
Na cidade
Igreja Matriz - A Igreja Matriz de São Thorné das Letras foi construída por volta de 1785, no mesmo local onde havia sido construída urna pequem capela na ocasião do episódio que deu origem ao nome da cidade.
Gruta São Thomé - Foi nessa grata que se deu o episódio que originou o nome da cidade. Ela está localizada ao lado da igreja Matriz. Na entrada da gruta, na sua parte superior, pode-se observar as pinturas semelhantes a "letras".
Passos e Casarões - Antigamente eram 12 passos, que simbolizavam os Passos da Paixão, na Via Sacra de Jesus Cristo. Esse passos eram utilizados nos dias de procissão. Hoje existem apenas quatro, em aceitável estado de conservação. Provavelmente foram construídos no século XVIII, na mesma época que foi iniciada a construção da igreja Nossa Senhora do Rosário.
Alguns casarões encontram-se espalhados pelo centro da cidade. Também foram construídos durante o século XVIII.
Pirâmide - É uma construção em forma piramidal. Vem atraindo um grande número de pessoas com objetivos diversos, entre os quais a observação de discos voadores.
Pedra da Bruxa –Localizada bem próximo à Pirâmide. É uma formação rochosa que vista de perfil, à noite, lembra a silhueta da face de uma bruxa. É também conhecida como a Pedra do Picú. Do alto se tem uma visão de praticamente 360' sobre as montanhas.
Toca do Leão - Fica próximo ao campo de futebol, no lado oposto da estrada. no local hoje conhecido como Sítio do Leão. Lá se encontra uma pintura ruprestre que dá nome a toca. O visitante vai encontrar a figura de um animal sem a cabeça.
Igreja Nossa Senhora do Rosário - Também conhecida como Igreja de Pedra. Não possui muitos dados históricos. Iniciada no século XVIII, permaneceu por um longo período inacabada.
Cachoeiras:
Eubiose, Cantagallo, Flávio, Véu de Noiva, Paraiso, Vale das Borboletas, Lua, Bruxa, Sobradinho, Shangri-lá....
Grutas:
Gruta do Carimbado, Sobradinho, Leão, Feijão, Chico Taquara, Três Saltos, Índio...
